Nach einem erfolgreichen ersten Jahr mit dem Suzuki-Werksteam, worin eine Polposition und 12 Ankünfte in den Top Ten enthalten waren, hatte Aleix Espargaro (Team Suzuki Ecstar) für die Saison 2016 die Hoffnung öfters um einen Platz auf dem Podium zu kämpfen.
Trotz des neuen Seamless Getriebes der GSX-RR des Katalanen, tat er sich sehr schwer einen guten Rhythmus in die Saison zu finden. Bei seinem Start in die Saison holte er zwei elfte Plätze, einen in Qatar und einen in Argentinien. In Austin machte er mit dem fünften Platz einen Schritt nach vorne und wiederholte dieses Ergebnis auch beim Europaauftakt in Jerez.
In LeMans überquerte er die Ziellinie auf dem sechsten Platz, während sich sein Teamkollege Maverick Viñales das erste Podium für Suzuki seit der Rückkehr in Königsklasse 2015 sicherte. Espargaro tat sich sichtlich schwer den Speed seines Teamkollegen mitzugehen und beendete das Rennen in Mugello auf dem neunten Platz. In Granollers nahe Barcelona, seinem Heimrennen, war er gezwungen das Rennen Aufgrund eines technischen Defekts vorzeitig zu beenden.
Als Suzuki bekannt gab, 2017 mit Andrea Iannone (Ducati Team) und Alex Rins (Paginas Amarillas HP40) an den Start zu gehen, verkündete der ältere der beiden Espargaro Bruder, dass er für die nächste Saison an der Seite des Moto2™ Fahrers Sam Lowes (Federal Oil Gresini Moto2) beim Aprilia Racing Team Gresini unterzeichnet hätte.
In Assen war er einer der vielen Fahrer die den trickreichen Bedingungen im Regen zum Opfer fielen. Er stürzte in dem nochmals gestarteten 12 Runden langen Regenrennen. Beim Flag-to-Flag-Rennen auf dem Sachsenring hatte er erneut Probleme. Er landete auf Platz 14 und geht als Elfter der Gesamtwertung mit 51 Punkten in die Sommerpause.
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