Franco Morbidelli (EG 0,0 Marc VDS) schaffte es, am Samstagnachmittag in Sepang, seine erste Pole- Position seit dem Sachsenring zu erzielen. Mit 0,026 Sekunden vor Phillip Island Gewinner Miguel Oliveira (Red Bull KTM Ajo), beendete der Championship Favorit die session. Rookie Fabio Quartararo (Pons HP 40) reihte sich ebenso in die erste Startreihe ein.
Ein heftiger Sturz für den Titelherausforderer Tom Lüthi (CarXpert Interwetten), dominierte jedoch die Session, denn der Schweizer muss zunächst zum medizinischen Check- Up. Lüthi wurde Fünftschnellster, mit EG 0,0 Marc VDS Pilot Alex Marquez vor ihm auf P4. Rookie of the Year Francesco Bagnaia (Sky Racing Team VR46) erzielte den sechsten Startplatz.
Marcel Schrötter (Dynavolt Intact GP) fuhr als Top Suter- Pilot auf den siebten Startplatz und hielt Brad Binder (Red Bull KTM Ajo) und Takaaki Nakagami (Idemitsu Honda Team Asia) hinter sich. Mattia Pasini (Italtrans Racing Team) erzielte trotz Sturz zu Beginn der Session den zehnten Startplatz.
Hafizh Syahrin (Petronas Raceline Malaysia) wurde Elfter, vor Axel Pons (RW Racing GP), Sandro Cortese (Dynavolt Intact GP), Xavi Vierge (Tech 3 Racing) und Isaac Viñales (BE-A-VIP SAG Team).