Tras batir el récord del circuito de Brno en la sesión clasificatoria del sábado Marc Márquez (Repsol Honda Team) partía desde la pole position en busca de su cuarta victoria de la temporada. El piloto de Honda ha realizado una mala salida y durante las primeras vueltas se ha alejado de las posiciones delanteras, dominadas por los pilotos de Ducati. Con el paso de las vueltas Márquez ha recuperado su ritmo y se ha aprovechado de los problemas en los neumáticos de los pilotos de Ducati para recuperar posiciones. A falta de tres vueltas para el final el piloto catalán ha adelantado a Héctor Barberá (Avintia Racing) para lograr la tercera plaza final.
Es la tercera vez en 2016 que Márquez acaba un GP en tercera posición y acumula nueve podios en 11 rondas. El bicampeón del mundo de MotoGP™ lidera la clasificación con 53 puntos sobre Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) y 59 sobre Jorge Lorenzo (Movistar Yamaha MotoGP).
Marc Márquez: «Sinceramente he escogido la estrategia equivocada. Pensaba que tendríamos que hacer un cambio de moto pero luego me he dado cuenta que sería imposible así que he empezado a pensar en la vida de mis neumáticos. Sabía que Cal y Valentino iban con neumáticos duros pero al final hemos conseguido un buen resultado, hemos perdido pocos puntos con Valentino y hemos ampliado la ventaja con Lorenzo. Estoy contento con lo que hemos conseguido».