Pénalisé de trois positions pour avoir conduit exagérément lentement vendredi lors des essais libres, Hiroki Ono (Honda Team Asia) savait qu’il ne pouvait pas se qualifier en pole position pour sa course nationale au Twin Ring Motegi mais a néanmoins signé le meilleur chrono samedi après-midi en qualifications. Le Japonais sera finalement quatrième sur la grille de départ et avait été 0.086s plus rapide qu’Andrea Migno (SKY Racing Team VR46), qui héritait donc de la pole position.
Derrière l’Italien, qui sera en pole pour la première fois de sa carrière et s’était déjà qualifié en première ligne à deux reprises en 2016, Brad Binder (Red Bull KTM Ajo), le nouveau Champion du Monde Moto3™, et Enea Bastianini (Gresini Racing Moto3) complèteront la première ligne.
Derrière Ono, Nicolò Bulega (SKY Racing Team VR46) et Lorenzo Dall Porta (SKY Racing Team VR46) seront en deuxième ligne.
Fabio Quartararo (Leopard Racing) s’est quant à lui qualifié en huitième position, derrière Niccolò Antonelli (Ongetta-Rivacold) et devant le rookie malaisien Adam Norrodin (Drive M7 SIC Racing Team),
Jules Danilo (Ongetta-Rivacold) partira de son côté 24e.
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