Alors qu’une pluie fine continuait de s’abattre sur la Moravie-du-Sud, Miguel Oliveira (Red Bull KTM Ajo) s’est installé en tête grâce à un tour en 2'15.724. Le pilote KTM devançait Simone Corsi (SpeedUp Racing) de quatre dixièmes tandis que Xavi Vierge (Tech3 Racing) complétait le Top 3.
Toujours à l’aise dans ces conditions, Hafizh Syahrin (Petronas Raceline Malaysia) occupait la quatrième place devant Álex Márquez (EG 0,0 Marc VDS) et Francesco Bagnaia (Sky Racing Team VR46), premier rookie du classement.
Leader du Championnat, Franco Morbidelli (EG 0,0 Marc VDS) s’est fait piéger au virage n° 11 à quelques minutes du drapeau à damier alors qu’il était en avance sur le temps de référence. L’Italien devait se contenter de la 10e position derrière Sandro Cortese (Dynavolt Intact GP), Isaac Viñales (BE-A-VIP SAG Team) et Tom Lüthi (carXpert Interwetten).
Remy Gardner (Tech3 Racing) est également parti à la faute dans son ultime tentative ; chute heureusement sans conséquence pour l’Australien qui hérite du 26e chrono.
Côté Français, Fabio Quartararo (Pons HP 40) prenait ses marques à Brno au guidon de sa Kalex. Le Niçois finissait 30e à un peu plus de 3.5 secondes d’Oliveira.
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