Francesco Bagnaia (Sky Racing Team VR46), qui a dominé chaque séance d'essais libres, s'est adjugé sans surprise la pole position du Grand Prix Motul d'Assen.
Ce meilleur tour en 1'37.608, l'Italien l'a établi lors de sa troisième tentative, juste avant qu'un drapeau rouge ne fasse son apparition ; une interruption liée à la chute Niki Tuuli (SIC Racing Team) dans virage 5, qui n'arrivant pas à quitter la piste par ses propres moyens, fut emmené au centre médical.
Après quelques minutes, les pilotes repartaient pour un sprint final, mais personne ne fut tout compte fait en mesure de battre la référence du transalpin. Pointé à 73 millièmes du poleman, Marcel Schrötter se maintenait en effet au deuxième rang, juste devant Luca Marini (Sky Racing Team VR46), qui n'avait jusqu'à présent jamais figuré en première ligne.
Álex Márquez (EG 0,0 Marc VDS), qui s'est fait piéger en fin de séance, partira quant à lui de la quatrième position. L'Espagnol aura à ses côtés Xavi Vierge (Dynavolt Intact GP) et Sam Lowes (Swiss Innovative Investors).
Fabio Quartararo (Lightech – Speed Up Racing), vainqueur du dernier GP, devait pour sa part mener la troisième ligne mais le Niçois a écopé de trois places de pénalité pour n'avoir pas suffisamment ralenti au moment du drapeau rouge. Cette sanction profite à Andrea Locatelli (Italtrans Racing Team), Jorge Navarro (Federal Oil Gresini Moto2) et Joan Mir (EG 0,0 Marc VDS).
Miguel Oliveira (Red Bull KTM Ajo) s'élancera 17e pour la deuxième fois consécutive. Le Portugais pourra-t-il refaire sa remontée de Barcelone aux Pays-Bas ?
Le second Français Jules Danilo (Nashi Argan SAG Team) signait le 30e temps des qualifications.
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