Auteur du meilleur temps vendredi matin en Malaisie, Dani Pedrosa a creusé l'écart sur ses poursuivants l'après-midi et a conclu la journée avec plus de huit dixièmes de seconde d'avance sur Casey Stoner, le Champion du Monde MotoGP 2011. Leur coéquipier Andrea Dovizioso complète le top 3, devant les deux autres Honda de Marco Simoncelli et d'Hiroshi Aoyama.