A Brno Rossi vince e allunga, sul podio Elias e Capirossi.

Parte bene dalla pole position Casey Stoner (Ducati Marlboro), il pilota australiano mantiene la posizione mentre dietro di lui John Hopkins (Kawasaki Racing) ha la meglio nello spunto in partenza su Valentino Rossi (Fiat Yamaha). Buona partenza anche per un altro australiano, Anthony West (Kawasaki Racing) che parte dalla sesta piazza della griglia e si porta rapidamente in quarta posizione.

Dani Pedrosa (Repsol Honda) che aveva sofferto le qualifiche bagnate di questo Cardion AB Grand Prix Ceske Republiky e che non aveva potuto fare meglio della dodicesima posizione in griglia, è autore di una buona partenza e passa all'esterno le prime file di piloti, è in sesta posizione dopo le prime curve; al secondo giro lo spagnolo scivola in ottava posizione, con Andrea Dovizioso (JiR Team Scot) e Loris Capirossi (Rizla Suzuki) che riescono a infilarlo. Non partono bene invece Marco Melandri (Ducati Marlboro) e Jorge Lorenzo (Fiat Yamaha), precedendo il solo Colin Edwards (Tech 3 Yamaha) dopo i primi quattro giri sul circuito ceco.

Quattro giri che sono sufficienti a Stoner e Rossi per creare il vuoto, sono 8 i secondi che separano i due da Hopkins. Poco meno di un secondo e mezzo la distanza tra il Campione del Mondo in carica e il leader della classifica del Campionato del Mondo di MotoGP. Chris Vermeulen (Rizla Suzuki) si incolla a Hopkins, l'australiano è con il compagno di squadra Capirossi.

È il sesto giro quando Stoner cade, tradito dal posteriore, il pilota australiano torna in sella e prova a rimettersi in gioco per questo primo Grand Prix dopo la pausa estiva; poche centinaia di metri e Stoner è però costretto al ritiro, la sua Desmosedici non ce la fa. Davanti è strada libera per Valentino Rossi, alle sue spalle interessante duello tra le due Suzuki di Capirossi e Vermeulen, a questo punto in ballo c'è il secondo e terzo posto. John Hopkins è parte di questo mini gruppo in lotta per un posto sul podio.

Anonima la gara di Lorenzo e Pedrosa, al nono passaggio i due piloti spagnoli sono rispettivamente in dodicesima e quindicesima posizione. Melandri occupa l'undicesima posizione alle spalle di Alex De Angelis (San Carlo Honda Gresini) che segue il compagno di squadra Shinya Nakano. Al decimo passaggio Rossi ha un vantaggio di 15 secondi sul secondo, un ottimo Toni Elias (Alice Team) che partito dalla tredicesima piazza è autore di una strepitosa rimonta. Lo spagnolo passa le due Suzuki e la Kawasaki di Hopkins e sembra avere il ritmo per allungare e lanciarsi all'inseguimento di Rossi.

Impossibile avvicinare Rossi su questa pista, oggi. Capirossi perde terreno da Elias che è sempre più vicino al secondo posto, mentre alle spalle dell'italiano della Suzuki si assiste a un dinamico duello tra West e Nakano, i due sono a 5 secondi da Capirossi, quando mancano quattro giri alla fine, e sono virtualmente ancora in corsa per un posto sul podio. De Angelis e Dovizioso sono rispettivamente in nona e decima posizione, davanti a Melandri e Lorenzo. In penultima posizione Pedrosa, alle prese con un pneumatico anteriore che sta facendo soffrire le Honda gommate Michelin sulla pista di Brno. Alle spalle del pilota spagnolo HRC, il solo Randy de Puniet (LCR Honda), protagonista di una caduta nelle prime fasi della gara che lo costringe a una gara da comparsa in fondo al gruppo.

Valentino Rossi conquista la seconda vittoria consecutiva, dopo Laguna Seca, davanti a Toni Elias che non riesce a contenere le lacrime per un risultato inatteso in una stagione che fino a oggi non era stata generosa con il pilota spagnolo. Sul podio anche Loris Capirossi, che riporta la Suzuki sul podio. La prima delle Honda è quella del giapponese Nakano, quarto, davanti a West e Vermeulen. Settimo Melandri, davanti a De Angelis, Dovizioso e Lorenzo. Per Rossi un allungo nella classifica del Mondiale, amplificato dal ritiro di Stoner e dal quindicesimo posto di Pedrosa che vale un solo punto.