Per la seconda volta in questa stagione, Andrea Dovizioso inizia una gara dalla pole, è la sua 77esima in carriera.
Per il numero 4 Ducati è anche la terza partenza la palo sulla pista giapponese dopo quella del 2010 (con Honda) e del 2014.
Johann Zarco, che era in pole position nel 2017 a Motegi, si è qualificato in seconda casella. È il miglior pilota indipendente.
Jack Miller completa la prima fila della griglia di partenza, la sua terza nella massima cilindrata e nella stagione.
Cal Crutchlow apre la seconda fila. È il miglior risultato del numero 35 a Motegi dal terzo tempo del 2012.
Andrea Iannone inizierà la gara al centro della seconda linea, è il miglior risultato di un pilota Suzuki a Motegi in qualifica dal quarto posto di Chris Vermeulen nel 2009.
Marc Marquez partirà alla ricerca del suo settimo titolo iridato dalla sesta casella. È la sua peggior qualifica dai risultati di Termas de Rio Honda e del Mugello. Il pilota Honda ha vinto solo tre volte dopo delle qualifiche non chiuse nella top 3 (Valencia – 2014, Aragon – 2017, Jerez – 2018).
Marquez può raggiungere il suo quinto successo iridato in MotoGP™ se va a punti ma davanti ad Andrea Dovizioso e non concede più di due lunghezze iridate al numero 4 Ducati e 24 a Valentino Rossi, terzo in classifica.
Il Dottore completa la terza fila. È la decima volta in questa stagione che non centra le due prime linee del via.
Dani Pedrosa è il pilota più di successo a Motegi con cinque vittorie in tutte le categorie. Sarà undicesimo al via.