赤旗中断の後、11分間のタイムアタックが展開され、フリー走行総合2番手のストーナーがエストリルで初めてトップグリッドを獲得。総合1番手のペドロサが0.013秒差の2番手。総合4番手のクラッチローが3番手に入り、1列目を確保すれば、総合3番手のロレンソは4番手で5年連続のポールポジションを逃した。ロッシは今季最高の9番グリッドから明日の決勝レースを迎える。