マレーシア特有の豪雨により、14ラップ目に赤旗。13ラップ目のポジションが適応され、ランク2位のペドロサが優勝。3戦連続6勝目を挙げれば、ポイントリーダーのロレンソは2位。タイトル争いは23ポイント差に接近すれば、ストーナーが3位表彰台を獲得。ドゥカティの両雄ヘイデンとロッシが続き、CRT勢ではエスパルガロが8番手に進出した。