La saison 2016 s’est ouverte de nuit, avec le Grand Prix Commercial Bank du Qatar, épreuve remportée par Jorge Lorenzo (Movistar Yamaha MotoGP) devant Andrea Dovizioso (Ducati Team) et Marc Márquez (Repsol Honda Team). Nombreux furent les dépassements aux avant-postes, puisque les Ducati prenaient systématiquement l’avantage en ligne droite grâce à leur moteur.
La deuxième épreuve, qui se tenait à Termas de Rio Hondo en Argentine, s’est terminée sur une victoire de Marc Márquez. Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) et Dani Pedrosa (Repsol Honda) complétaient le podium, alors que Jorge Lorenzo partait à la faute. Les derniers tours furent également marqués par l’affrontement entre Rossi et les deux Ducati, qui se sont finalement accrochées.
Marc Márquez a signé le doublé au Grand Prix Red Bull des Amériques, tandis que Jorge Lorenzo et Andrea Iannone (Ducati Team) s’adjugeaient les deuxième et troisième places. Valentino Rossi, auteur d’une erreur, n’a pas été en mesure de rallier l’arrivée. Maverick Viñales (Suzuki Ecstar Team) a quant à lui enchaîné les dépassements pour terminer au quatrième rang.
Valentino Rossi a néanmoins pris sa revanche au Grand Prix Red Bull d’Espagne, en allant s’imposer devant Jorge Lorenzo et Marc Márquez. En début de course, deux duels se sont dessinés, un opposant les deux Yamaha YZR-M1, tandis que les Honda RC213V luttait pour le gain de la troisième place.
Au Grand Prix Monster Energy Grand Prix de France, la tendance s’est inversée en faveur de Jorge Lorenzo. Le Majorquin n’a laissé le soin à personne de mener pour triompher devant Valentino Rossi, qualifié en septième position sur la grille et Maverick Viñales, qui n’avait encore jamais décroché le moindre podium. Victime d’une chute, Marc Márquez parvenait tout de même à se classer treizième.
Le Grand Prix TIM d’Italie fut officiellement le meeting le plus serré de l’histoire, puisque 89 millièmes séparaient le premier du deuxième au cumul des trois catégories. Jorge Lorenzo s’est d’ailleurs illustré, 19 millièmes devant Marc Márquez au terme d’un magnifique combat, alors qu’Andrea Iannone faisait son retour sur le podium. Valentino Rossi fut contraint de se retirer, lâché par le moteur de sa Yamaha YZR-M1.
Le Grand Prix Monster Energy de Catalogne, septième épreuve du calendrier, a tourné une fois de plus au duel, avec d’une part Valentino Rossi, qui comptait bien rebondir après sa désillusion du Mugello et d’autre par Marc Márquez, qui jouait à domicile. Le nonuple Champion du Monde a fini par avoir le dernier mot, suite à une petite erreur de son adversaire dans le dernier tour. Dani Pedrosa grimpait sur la troisième marche du podium, alors que Jorge Lorenzo se faisait embarquer dans une chute avec Andrea Iannone.