In der Anfangsphase des Shell Malaysia Motorcycle Grand Prix preschte Valentino Rossi an die Spitze und lieferte sich mehrere Runden lang einen harten Kampf gegen Ducati-Werkspilot Andrea Iannone. Der Movistar Yamaha MotoGP Fahrer konnte das Tempo aber nicht mehr halten, sobald die Strecke abtrocknete und ließ den späteren Sieger Andrea Dovizioso (Ducati Team) nach einem Überholmanöver ziehen. Mit dem zweiten Platz auf dem Sepang International Circuit sichert sich Rossi aber auch den zweiten Platz in der Gesamtwertung der MotoGP™ 2016.
Valentino Rossi: „Ich hatte einen großartigen Kampf gegen Iannone. Als ich endlich in der Lage war, ihn hinter mir zu lassen, war ich sehr optimistisch und hatte das Gefühl, dass ich davonfahren kann. Als das Wasser auf der Strecke aber immer weniger wurde, hatte ich Probleme mit der rechten Flanke des Vorderreifens. Ich bin zwei Mal fast abgeflogen und musste deshalb ab diesem Zeitpunkt langsamer fahren. Schade, denn ich wollte natürlich versuchen zu gewinnen. Aber dieses Ergebnis ist für den zweiten Platz in der Meisterschaft dennoch sehr gut.“