Alex de Angelis s'est assuré la pole à Phillip Island à l'issue d'une séance de qualifications interrompue par la pluie. Mike di Meglio a su profiter des meilleures conditions de piste en fin de séance et s'est qualifié en deuxième position, devant Yuki Takahashi. Stefan Bradl est huitième. Pénalisé d'une minute suite à l'accident de vendredi, Marc Márquez partira, comme prévu, de la dernière position.