Jarno Müller inizia a correre con le minimoto in Germania all´età di 7 anni e un anno dopo si aggiudica il secondo posto nella categoria junior del campionato nazionale. Quasi dieci anni dopo il giovane pilota disputa la sua prima gara nel 1998, nell´ADAC Junior 125 Cup, vince 5 delle 7 gare e si aggiudica il titolo. Nel 1999 conquista il secondo posto nel Campionato Tedesco 125 e nel 2000 lo vince. A questi successi di ambito nazionale vanno aggiunti un decimo e un settimo piazzamento nel Campionato Europeo, così come la sua magnifica prestazione come wildcard al Gran Premio di Germania. Nel 2001 Müller passa al Campionato del Mondo 125 e per quattro volte si classifica fra i primi quindici.