La sua prima stagione completa è nel 2007 dopo le apparizioni dell'anno precedente all'Estoril e a Valencia con la Multimedia Racing. Nel 2008 è al fianco di Mike Di Meglio nel team Ajo Motorsport e nel 2009 chiude la sua terza stagione completa nel Campionato del Mondo 13° e con un sesto posto a Le Mans come miglior risultato. Nel 2010 passa alla Moto2™ in sella ad una Suter col team Technomag-CIP di Alain Bronec; a fine anno è 15°. Nel 2011 trova il primo podio in carriera a Valencia. Nel 2013 è regolare e constante e conclude la stagione con un podio e un quinto posto assoluto. Risultato finale che bissa anche l'anno successivo ma oltre a tre podi arriva anche la sua prima vittoria sul circuito del Sachsenring. Nel 2015 Aegerter punta più in alto col team Technomag Racing grazie anche al nuovo sviluppo della sua Kalex. Una prima fila e un podio al Mugello rappresentano il suo apice prima che un grave incidente al MotorLand lo costringa alla sosta e al recupero fisico. Nel 2016 nessuna novità, lui e il team Technomag sono ancora in Moto2™. Chiude la stagione come dodicesimo in classifica generale e nel 2017 cambia scuderia arrivando al team Kiefer Racing. Nel 2018 vive un’altra annata complicata, quindi nel 2019 passa al MV Agusta Forward Racing, dove ottiene risultati di prestigio nella top 10. Dopo un lungo periodo nella categoria intermedia, Aegerter passa alla MotoE™ nel 2020 conquistando due vittorie e due terzi posti, risultati che lo hanno aiutato a chiudere la stagione con la medaglia d’oro. Durante la stagione 2020 ha partecipato a quattro Gran Premi della Moto2™. Nel 2021 lotterà per il titolo MotoE™ mantenendo la sua partnership con Dynavolt Intact GP.