Jorge Martin (Del Conca Gresini Moto3) bestätigte im Qualifying die starken Rundenzeiten aus dem Freien Training am Samstagvormittag und sicherte sich im MotorLand Aragon die Pole-Position. Der Spanier benötigte 1:58.067 Minuten für seine schnellste Runde. Beim finalen Angriff unterbot Martin seine eigene Bestzeit zwischenzeitlich um zwei Zehntelsekunden, konnte sich durch einen Sturz aber nicht weiter steigern. Er blieb unverletzt.
Enea Bastianini (Estrella Galicia 0,0) startet von Position zwei in den 14. Grand Prix der Saison, Teamkollege Aron Cant vervollständigt Reihe eins, obwohl er im Qualifying via Highsider von seiner Honda geschleudert wurde.
Nach Martins Sturz überschattete ein Massensturz das Qualifying der Moto3™. Nach einem Highsider von Adam Norrodin (SIC Racing Team) kamen mehrere Fahrer zu Sturz. Unter anderem war auch WM-Leader Joan Mir (Leopard Racing) betroffen. Zudem stürzten auch Andrea Migno (Sky Racing Team VR46), Juanfran Guevara (RBA BOE Racing) und Fabio Di Giannantonio (Del Conca Gresini Moto3).
Nicolo Bulega (Sky Racing Team VR46) sicherte sich Startplatz vier. Eine beeindruckende Leistung zeigte Dennis Foggia (Sky Junior Team VR46 Riders Academy), der bei seinem zweiten WM-Start von Platz fünf ins Rennen startet. Der Führende der FIM CEV Repsol Moto3™ Junior World Championship ließ zahlreiche prominente Namen hinter sich, unter anderem auch WM-Leader Mir, der von Position sechs ins Rennen geht.
Philipp Oettl (Südmetall Schedl GP Racing) beendete das Qualifying auf Position acht und meldete sich nach einem Sturz im FP3 zurück. Der Deutsche verlor etwa neun Zehntelsekunden auf Martins Bestzeit.
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