Alors qu’il semblait en retrait après avoir miraculeusement évité une chute apparemment inévitable au début de la seconde séance d'essais du Grand Prix HJC Helmets de République tchèque, Marc Márquez (Repsol Honda Team) a frappé un grand coup en réalisant le temps de référence dans les dernières minutes, en 1’55.840. Le leader du classement général comptait finalement 0.104s d'avance sur Andrea Iannone (Ducati Team), auteur du meilleur temps le matin et en pleine forme après avoir décroché sa première victoire en MotoGP™ quelques jours plus tôt, en Autriche.
En tête avant que Márquez ne prenne l’avantage, Jorge Lorenzo (Movistar Yamaha MotoGP), vainqueur de l’épreuve tchèque en 2015, a conclu la journée en troisième position, à 0.137s de Márquez et devant Héctor Barberá (Avintia Racing), qui suivait Márquez sur son tour rapide.
Valentino Rossi (Movistar Yamaha MotoGP) complétait le Top 5 en étant pour sa part à plus de trois dixièmes de seconde du leader et avec quelques millièmes d’avance sur son compatriote Andrea Dovizioso (Ducati Team).
Aleix Espargaró (Team Suzuki Ecstar), Bradley Smith (Monster Yamaha Tech3), Maverick Viñales (Team Suzuki Ecstar), Dani Pedrosa (Repsol Honda Team) complétaient le Top 10 et donc la liste provisoire des pilotes pré-qualifiés pour la séance Q2, en attendant la troisième séance d’essais de samedi.
Loris Baz (Avintia Racing) s’est de son côté classé douzième derrière Cal Crutchlow (LCR Honda).
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