第１７戦マレーシアＧＰの公式予選は２９日、セパン・インターナショナル・サーキットで行われ、２０１６年王者のブラッド・ビンダーが週末３度目、今季１９度目のトップタイムをマーク。２戦連続６戦連続のポールポジションを奪取した。
気温２５度、路面温度２８度のウェットコンディションの中、今季５度目のフリー走行総合１番手に進出したビンダーが、最後のタイムアタックで２分２６秒２６８を刻み、逆転に成功すれば、フリー走行総合６番手のホルヘ・ナバーロは、０.０９３秒差の２番手に入り、今季６度目の１列目を確保。
フリー走行総合３番手のフランセスコ・バグナイアは、０.１２７秒差の３番手に入り、今季３度目の１列目を獲得。フリー走行総合９番手のロレンソォ・ダッラ・ポルタは、０.８１０秒差の４番手。フリー走行総合２６番手のガブリエル・ロドリゴ、フリー走行総合２８番手のニッコロ・アントネッリ、フリー走行総合１１番手のボ・ベンスナイダー、フリー走行総合７番手のホルヘ・マルティン、フリー走行総合４番手のファビオ・クアルタラロ、フリー走行総合２５番手のアロン・カネトがトップ１０入り。フリー走行総合２番手のヤコブ・コーンフィールは１５番手。
フリー走行総合２０番手の鈴木竜生は、２.２８５秒差の１６番手。フリー走行総合２８番手の佐々木歩夢は、２.９９９秒差の２１番手。フリー走行総合１４番手の尾野弘樹は、２度目の転倒を喫して、３.９８０秒差の２５番手だった。
リザルト（www.motogp.com/ja/Results+Statistics/）
Who'd have thought after that downpour that this would be the lineup on the first 3️⃣ rows?! #MalaysianGP pic.twitter.com/oVjkibyv0a
— MotoGP™ (@MotoGP) 29 de octubre de 2016