Fermín Aldeguer a débuté la compétition à l’âge de six ans. Trois ans plus tard, il empochait son premier titre dans le cadre de la Coupe Levante MiniGP 110, tout intégrant la Cuna de Campeones. Après d’autres trophées acquis à l’échelle régionale, entre 2014 et 2017, que ça soit en MiniGP 140, en MaxiGP 220 XL ou en PréMoto4, le natif de Murcie rejoignait ainsi l’European Talent Cup. D’emblée, l’Espagnol y décrochait deux podiums et une dixième place au classement général. Toutefois, il fera encore mieux l’année suivante, puisqu’il échouera à seulement deux points du dauphin, avec trois autres apparitions parmi les trois premiers. La logique aurait voulu qu’il grimpe dans la catégorie Moto3™, mais une série de circonstances l’en empêchèrent. Le pilote ibérique se tournait alors vers la sous-catégorie Superstock 600 du FIM CEV Repsol. Il y remportera les six premières courses pour y être sacré. En 2021, il jonglera ensuite entre le MotoE™ et le Moto2™. Sur son Energica Ego Corsa, le représentant du team Openbank Aspar se classera notamment quatrième en Autriche, pour terminer neuvième de cette campagne. Il disputera également huit Grands Prix sous les couleurs du team Speed Up avec une septième position en guise de meilleur résultat en Aragón.

Et il sera parallèlement titré en Championnat d’Europe Moto2™, en ayant laissé échapper que deux victoires sur les 11 mises en jeu, accompagné de la même structure, qui décidait donc de le titulariser en mondial Moto2™ à compter de 2022. Il s’y refera d’emblée remarquer avec sept Tops 10. Néanmoins, la régularité lui fera défaut comme en attestent ces huit abandons, qui lui vaudront de finir 15e. En 2023, le pilote espagnol passe un véritable cap dans sa carrière. Après un début de saison poussif, il triomphe à Silverstone avant de signer une fin de saison stupéfiante. Après des podiums à Mandalika et Phillip Island, le n°54 remporte les quatre derniers Grands Prix de l'année et se hisse au troisième rang au Championnat du Monde. Le natif de Murcie fait office de prétendant au titre en 2024 mais commet plusieurs erreurs lourdes de conséquences. Probablement mis sous pression par son officialisation chez Ducati en MotoGP™ en 2025 avant même le début de la campagne, l'Espagnol termine cinquième du général avec trois victoires à son actif. En 2025, il défend les couleurs de Gresini Racing MotoGP™ pour ses débuts dans l'élite et brille. En effet, le rookie s'offre trois podiums dont une première victoire à Mandalika avec une petite dizaine de secondes d'avance. Il fera partie des hommes à surveiller de près en 2026.