第１５戦日本ＧＰのフリー走行３は１５日、ツインリンクもてぎで行われ、前戦アラゴンＧＰでチャンピオンに輝いたブラッド・ビンダーが今季１５度目のトップタイムをマーク。今季４度目のフリー走行総合１番手に進出した。
気温１９度、路面温度２６度のドライコンディションの中、初日に連続転倒を喫して初日総合１２番だったビンダーは、３度のコースインで１６ラップを周回すると、１分５７秒台を５回、１分５６秒台を１回記録。１分５６秒６５１の１番時計を刻んだ。
初日総合４番手のホルヘ・ナバーロは、３度のコースインで１７ラップを周回すると、１分５７秒台を２回、１分５６秒台を最多の３回記録して、０.２４３秒差の２番手。初日総合１３番手のファビオ・クアルタラロは、３度のコースインで１７ラップを周回すると、１分５７秒台を４回、１分５６秒台を１回記録して、０.３２９秒差の３番手に浮上。
初日総合８番手のアンドレア・ミニョは、０.４７７秒差の４番手。初日総合９番手のニッコロ・アントネッリ、初日総合３番手のリビオ・ロイ、初日総合１８番手のガブリエル・ロドリゴ、初日総合９番手のニコロ・ブレガがトップ９入り。
初日総合４番手の鈴木竜生は、３度のコースインで１２ラップを周回すると、１分５８秒台を３回、１分５７秒台を２回記録して、０.７７２秒差の１０番手。
初日総合２番手の尾野弘樹は、３度のコースインで１４ラップを周回すると、１分５８秒台を３回、１分５７秒台を２回記録して、０.８７１秒差の１２番手、初日のラップタイムでフリー走行総合５番手。
ワイルドカードの岡崎静香は、５.８２９秒差の最後尾３４番手。佐藤励は初日の転倒により走行をキャンセルした。
リザルト（www.motogp.com/ja/Results+Statistics/）
Briefly after coming through to the top of the times, @eneabastianini slides off into the gravel - OK????#JapaneseGP pic.twitter.com/6byCCxQzX6
— MotoGP™ (@MotoGP) 15 de octubre de 2016