最終戦バレンシアGPの公式予選は12日、リカルド・トルモ・サーキットで行われ、総合3位のホルヘ・ロレンソが週末3度目、今季17度目のトップタイムをマーク。今季4度目、最高峰クラスで39度目、当地で2年連続、チャンピオンシップ史上最多に並ぶキャリア通算65度目のポールポジションを奪取した。
気温21度、路面温度26度のドライコンディションの中、フリー走行総合3番手のロレンソは、フリー走行4で1分31秒台を最多の13回、1分30秒台を1回記録して2番手。公式予選2は、サーキットベストラップ(1分30秒011)を更新する1分29秒401の1番時計を刻んだ。
フリー走行3で今季36度目の最速時計を刻んで今季9度目のフリー走行総合1番手に進出したマルク・マルケスは、フリー走行4で今季17度目の転倒を喫したが、1分31秒台を7回、1分30秒台を2回記録して週末2度目の1番時計を刻むと、公式予選2は、0.340秒差の2番手に入り、12度目の1列目を確保。
フリー走行総合9番手のバレンティーノ・ロッシは、フリー走行4で1分31秒台を8回記録して5番手。公式予選2は、0.727秒差の3番手に入り、12度目の1列目に進出。
フリー走行総合2番手のマーベリック・ビニャーレスは、フリー走行4で1分31秒台を8回、1分30秒台を1回記録して3番手。公式予選2は、0.875秒差の4番手に入れば、フリー走行総合4番手のアンドレア・ドビツィオーソ、フリー走行総合6番手のポル・エスパルガロ、フリー走行総合8番手のアンドレア・イアンノーネ、フリー走行総合5番手のダニ・ペドロサ、フリー走行総合7番手のアレイシ・エスパルガロ、フリー走行総合10番手のブラッドリー・スミスがトップ10入り。
フリー走行総合11番手のカル・クラッチローは、公式予選1で3戦連続5度目の1番手通過。公式予選2は、今季25度目の転倒を喫して11番手。フリー走行総合13番手のダニロ・ペトルッチは、公式予選1で2番手、公式予選2で12番手。
フリー走行総合22番手のミカ・カリオは、公式予選1で10番手だった。
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— MotoGP™ (@MotoGP) 12 de noviembre de 2016