第16戦日本GPの公式予選は20日、ツインリンクもてぎで行われ、フリー走行総合4番手のフランセスコ・バグナイアが今季18度目のトップタイムをマーク。第13戦サンマリノ&リビエラ・ディ・リミニGP以来今季6度目のポールポジションを獲得した。
気温19度、路面温度26度のドライコンディションの中、フリー走行総合1番手のファビオ・クアルタラロは、0.165秒差の2番手に入り、第11戦オーストリアGP以来今季3度目の1列目に進出すれば、フリー走行総合7番手のイケル・レオクナは、0.231秒差の3番手に入り、初めて1列目を獲得。
フリー走行総合2番手のマルセル・シュロッターは4番手。フリー走行総合6番手のロレンソォ・バルダッサーリ、フリー走行総合3番手のアレックス・マルケス、フリー走行総合13番手のチャビ・ビエルゲがトップ7。
フリー走行総合9番手の長島哲太は、0.568秒差の8番手に入り、自己最高位を獲得。フリー走行総合5番手のミゲール・オリベイラ、フリー走行総合15番手のブラッド・ビンダーがトップ10入りした。
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