第１８戦マレーシアＧＰの公式予選は２日、セパン・インターナショナル・サーキットで行われ、今季７度目となるフリー走行総合１番手に進出した総合６位のファビオ・クアルタラロがフリー走行２で樹立したオールタイムラップレコードを自ら更新する今季２８度目のトップタイムをマーク。第１５戦タイＧＰ以来今季５度目となるポールポジションを奪取した。
気温２６度、路面温度３５度のドライコンディションの中、フリー走行総合４番手のマーベリック・ビニャーレスは、０.１０３秒差の２番手。２戦連続９度目の１列目を確保すれば、フリー走行３で今季３度目の１番手に進出したフリー走行総合２番手のフランコ・モルビデッリは、０.１２９秒差の３番手に入り、第１６戦日本ＧＰ以来度目の１列目を獲得。
ヤマハは１７年５月の第５戦フランスＧＰ以来、５０戦ぶりに１列目を独占。
フリー走行総合６番手のジャック・ミラーは、０.４２２秒差の４番手。フリー走行総合１１番手のカル・クラッチローは、今季７度目の公式予選１で１番手、公式予選２で５番手まで挽回。
フリー走行総合８番手のバレンティーノ・ロッシは６番手。フリー走行総合９番手のアレックス・リンスは７番手。フリー走行総合１４番手のダニロ・ペトルッチは、今季６度目の公式予選１で２番手、公式予選２で８番手。
フリー走行総合１０番手のヨハン・ザルコは、第１０戦チェコＧＰ、第１３戦サンマリノ＆リビエラ・ディ・リミニＧＰ以来今季３度目、今季初めて直接進出した公式予選２で９番手。ドライでのベストリザルトを獲得すれば、フリー走行総合５番手のアンドレア・ドビツィオーソは１０番手。
フリー走行総合３番手のマルク・マルケスは、６ラップ目の２コーナーで今季１２度目の転倒を喫して０.８７５秒差の１１番手。フリー走行総合７番手のフランセスコ・バグナイアは、第１１戦オーストリアＧＰ以来５度目の公式予選２で１２番手だった。