第１６戦日本ＧＰの公式予選は、１０月３日現地時間１０時５０分からモビリティリゾートもてぎで行われ、初日午後のプラクティスで８番手だったホルヘ・マルティンが２日目最初のセッション、フリープラクティス２で２番手に浮上した後、６ラップ目にアレックス・マルケスがプラクティスで樹立したオールタイムラップレコード（１分４２秒８１１）を０.４４０秒更新する１分４２秒３７１を記録。
第１０戦オランダＧＰ、第１２戦イギリスＧＰ、第１５戦オーストリアＧＰに続き２戦連続４度目、当地で２０２３年以来２度目、プレミアクラス９７戦目で２４度目、キャリア１９６戦目で４５度目のポールポジションを奪取。
年間の予選最速者を決定する『BMW M AWARD』において、２５ポイントを加算して総合４位を維持した。
The Championship leader storms to pole position destroying the all-time lap record! 👊#JapaneseGP🇯🇵 pic.twitter.com/j3kxYnf6Pc
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) October 3, 2026
マルク・マルケス２番時計
気温２３度、路面温度４０度のドライコンディションの中、４年前にポールポジションを獲得したプラクティス３番手のマルク・マルケスはフリープラクティス２で４番手、公式予選２で０.１１０秒差の２番手。第１３戦アラゴンＧＰから４戦連続の２番手、今季１０度目の１列目を確保して、『BMW M AWARD』で単独総合１番手に浮上。
💪 @marcmarquez93 pushed too hard but saves it #JapaneseGP 🇯🇵 pic.twitter.com/wrfUIva1GO
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プラクティスで１番手に進出したアレックス・マルケスは０.１７５秒差の５番手。プラクティス６番手のファビオ・ディ・ジャンアントニオは６番手。
ペドロ・アコスタ予選３番手
２年前にポールポジションを獲得したプラクティス２番手のペドロ・アコスタは０.１２２秒差の３番手。２戦連続５度目の１列目に進出し、プラクティス５番手のエネア・バスティアニーニは第４戦スペインＧＰ以来今季２度目の公式予選２で今季最高位の７番手。
アプリリア４台公式予選２出走
プラクティスで４番手だったマルコ・ベッツェッキは０.１５９秒差の４番手。０.０３７秒差で１列目を逃せば、プラクティス１３番手のラウール・フェルナンデェスは公式予選１で２番手、公式予選２で８番手。
小椋藍１１番手まで挽回
プラクティスで１５番手だった小椋藍はフリープラクティス２の８ラップ目９コーナーで今季７度目の転倒を喫して１１番手だったが、第６戦カタルーニャＧＰ、第７戦イタリアＧＰ以来今季３度目の公式予選１を１番手で通過すると、公式予選２は０.５６２秒差の１１番手。
プラクティス９番手のディオゴ・モレイラは０.５４５秒差の９番手。プラクティス１０番手のヨハン・ザルコは７ラップ目の９コーナーで週末２度目、今季９度目の転倒を喫して１０番手。プラクティス７番手のファビオ・クアルタラロは０.６８８秒差の１２番手。
公式予選１
１年前にポールポジションを獲得したプラクティス１６番手のフランチェスコ・バグナイアは０.１２３秒差の３番手。０.１２２秒差で公式予選２への進出を逃し、プラクティス１４番手のフランコ・モルビデリはフリープラクティス２の３ラップ目にドゥカティ機から白煙を上げたが、公式予選１は４番手。
プラクティス１９番手のソムキアット・チャントラは５番手。プラクティス１７番手のルカ・マリーニは６番手。プラクティス１２番手のブラッド・ビンダーは転倒を喫して７番手だった。
ティソ・スプリント
周回数１２ラップのショートレース、ティソ・スプリントは１０月３日１５時００分スタート。