第１６戦日本ＧＰの公式予選は、１０月３日現地時間１２時４５分からモビリティリゾートもてぎで行われ、初日午後のプラクティスで１０番手だったダビド・アルマンサが２日目午前のフリープラクティス２で１番手に浮上した後、４ラップ目に２年前の２０２４年１０月にイバン・オルトラが公式予選２で樹立したオールタイムラップレコード（１分５４秒７６１）を０.１８９秒更新する１分５４秒５７２を記録。２戦ぶり７度目のポールポジションを奪取した。
Is it 6 or 7? 🤔
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) October 3, 2026
It's @davidalmansa22's 7th pole position of 2026 😎#JapaneseGP 🇯🇵 pic.twitter.com/I7AgyFCmgR
気温２３度、路面温度４３度のドライコンディションの中、プラクティスで３番手に進出したブライアン・ウリアルテは６ラップ目の５コーナーで転倒を喫したが、０.０４５秒差の２番手に入り、３戦連続６度目の１列目を獲得。プラクティスで４番手に進出したアルバロ・カルペは０.０７５秒差の３番手に入り、２戦連続５度目の１列目に進出。
ポイントリーダーのタイトル獲得を阻止したい３人がトップ３に入り、１列目を占めれば、プラクティスで６番手だったマキシモ・キレスはフリープラクティス２で２番手。公式予選２は０.２８２秒差の４番手に入り、最初のマッチポイントに向けて３戦連続の２列目を確保。
プラクティスで９番手のマッテオ・ベルテッレは５番手。プラクティスで７番手のダビド・ムニョス、プラクティスで１５番手のリコ・サルメラ、プラクティスで５番手のバレンティン・ペローネが続き、プラクティスで１番手に進出したマルコ・モレリは９番手。
プラクティスで２番手に進出した山中琉聖はフリープラクティス２で１５ラップを周回して１８番手、公式予選２は０.９４５秒差の１０番手。
プラクティスで１８番手の三谷然はフリープラクティス２で１６ラップを周回して２２番手。公式予選１は４番手に入り公式予選２に進出すると、１.４１１秒差の１６番手。プラクティスで８番手のヴェダ・プラタマは１８番手。
プラクティスで２０番手だった荻原羚大はフリープラクティス２で１５ラップを周回して１６番手、公式予選１は０.４１７秒差の５番手。０.００３秒差で公式予選２への進出を逃し、プラクティスで１７番手のハキム・ダニッシュは８番手。プラクティスで２５番手のキアティサック・シンハポンは１０番手。
決勝レース
シーズン１６戦目の決勝レース（周回数１７ラップ）は１０月４日１１時００分スタート。