Der Moto3-Grand-Prix startete später als geplant, denn während der Einführungsrunde gab es einen Zwischenfall mit Noah Dettwiler (CIP Green Power) und Jose Antonio Rueda (Red Bull KTM Ajo), der zu einer Verzögerung des Grand Prix führte. Beide Fahrer wurden mit dem Rettungshubschrauber ins Krankenhaus gebracht, und der Neustart des Rennens wurde verschoben, bis der Rettungshubschrauber zurück sein konnte. Als der Grand Prix über 10 Runden gestartet wurde, holte sich Taiyo Furusato (Honda Team Asia) seinen ersten Sieg in dieser Klasse vor Angel Piqueras (FRINSA – MT Helmets – MSI) und Adrian Fernandez (Leopard Racing).
First #Moto3 winner's trophy for Furusato #MalaysianGP 🇲🇾 pic.twitter.com/Hj0mvhUnbk
— MotoGP™🏁 (@MotoGP) October 26, 2025
Taiyo Furusato hat sich den Holeshot geschnappt und führte die erste Runde an, während Pole-Setter David Almansa (Leopard Racing) knapp vor dem schnell startenden Maximo Quiles (CFMOTO Power Electronics Aspar Team) lag. Am Ende der dritten Runde hatte Almansa kurzzeitig die Führung zurückerobert, doch schon bald kämpfte sich die Nummer 72 von Furusato wieder auf Platz 1 zurück. Zur Halbzeit hatte sich Guido Pini (LIQUI MOLY Dynavolt Intact GP) auf Platz 2 vorgearbeitet und überholte Quiles in Kurve 4 der fünften Runde, bevor der Spanier in Kurve 9 zurückschlug. Fernandez hatte sich ebenfalls aus der vierten Startreihe nach vorne gekämpft und Pini überholt, sodass die Nummer 94 nun Vierter war. Fernandez lag nun auf Platz 2, während Quiles in Kurve 2 in Runde 6 einen spektakulären Rutscher am Vorderrad hatte, aber irgendwie die Maschine aufrecht halten konnte.
An der Spitze lag Honda mit gleich drei Fahrern, wobei Furusato mit etwa einer Sekunde Vorsprung vor Fernandez und Almansa führte. Die zweite Honda von Leopard Racing wurde durch einen hart attackierenden Pini und Piqueras auf den fünften Platz zurückgeworfen, woraufhin die Nummer 22 in Kurve 9 zurückschlug und den vierten Platz zurückeroberte. Pini hatte sich ebenfalls auf den zweiten Platz vorgearbeitet, und der Kampf um die restlichen Podiumsplätze verschaffte Furusato drei Runden vor Schluss einen Vorsprung von einer Sekunde. Almansa verlor in der letzten Kurve der achten Runde die Kontrolle über das Vorderrad, schaffte es aber, auf der Strecke zu bleiben, fiel jedoch auf den sechsten Platz zurück und schied aus dem Kampf um das Podium aus, stattdessen lag er nun hinter Quiles. Eine Runde später bedeutete Kurve 15 das Ende von Pinis Grand Prix, als der Italiener bei dem Versuch, Fernandez zu überholen, aus dem Kampf um das Podium ausschied.
In der letzten Runde, als Furusato sich bereits deutlich absetzte, ging es um den zweiten Platz, aber in Kurve 9 war die Entscheidung schnell gefallen, als Fernandez einen heftigen Ausrutscher hatte und den Platz an Piqueras abgeben musste. Furusato fuhr unaufhaltsam zu seinem ersten Grand-Prix-Sieg und sicherte Honda den ersten Sieg im Jahr 2025. Piqueras wurde Zweiter, während Fernandez vor seinem Teamkollegen Almansa Dritter wurde, sodass drei Hondas unter den ersten Vier landeten. Ryusei Yamanaka (FRINSA – MT Helmets – MSI) kam als Fünfter ins Ziel, vor Alvaro Carpe (Red Bull KTM Ajo).
Quiles wurde Siebter und wurde damit zum Rookie des Jahres gekürt, vor Scott Ogden (CIP Green Power), der sich vom 15. Platz nach vorne kämpfte und damit zum ersten Mal seit seinem siebten Platz in Assen wieder unter die Top Ten kam. Auf Platz neun landete Brian Uriarte (LIQUI MOLY Dynavolt Intact GP), der in der letzten Runde in Kurve 7 von Quiles von der Strecke gedrängt wurde, während Valentin Perrone (Red Bull KTM Tech 3) den zehnten Platz holte. Der heimische Wildcard-Fahrer Hakim Danish (AEON CREDIT SIC Racing MSI) fuhr die schnellste Runde, schied aber wegen eines technischen Problems aus.