Dès l’âge de 5 ans, John McPhee participe à de nombreuses compétitions en Grande-Bretagne avant de rejoindre le Championnat d’Espagne 125 en 2011. Le jeune Écossais y inscrira son premier podium et sera crédité d’une dixième position au classement général. Cette année-là, il fait aussi trois apparitions en Grands Prix. Un an plus tard, ce dernier dispute huit autres wildcards, parallèlement au FIM CEV Repsol Moto3™. En 2013, il est finalement recruté par le Racing Team Germany, mais il faudra attendre 2015 pour le voir sur le podium. Reconduit en 2016, lequel empoche alors sa première victoire à Brno sur une Peugeot. John McPhee devient ensuite l’unique représentant du British Talent Team et se hisse à trois reprises parmi les trois premiers. Sa saison 2017 sera également marquée par deux poles. Dans la foulée, il intègre le CIP Green Power et recule très légèrement dans la hiérarchie malgré deux nouveaux Tops 3. Sa meilleure campagne, il la signera tout compte fait en 2019, sous les couleurs du team Petronas Sprinta Racing. Il ira même jusqu’à triompher au Mans pour atteindre le cinquième rang final. Prolongé pour 2020, il réalise des prestations similaires avec notamment un nouveau succès à Misano. Hélas, il sera poursuivi par la malchance en 2021. Souvent victime de highside ou impliqué dans des accrochages, il enregistrera sept résultats blancs, d’où cette édition achevée à la 13e place. Il espère à présent se rattraper chez Sterilgarda Max Racing Team.