Jarno Müller a commencé à courir à l'âge de 7 ans, en mini-motos, et devint vice-champion du Championnat Junior d'Allemagne l'année suivante. Près d'une dizaine d'années plus tard, il disputa sa première course dans le cadre de la Coupe Junior ADAC 125, et décrocha le titre à sa troisième tentative, en 1998, avec cinq victoires sur sept courses. La saison suivante, il termina deuxième du Championnat d'Allemagne, avant de faire mieux en 2000. Avec une dixième et une septième place en Championnat d'Europe, plus une prestation convaincante au Grand Prix d'Allemagne, Müller est passé en Championnat du Monde 125 en 2001 et a terminé quatre fois dans les points.