Jarno Muller empezó a competir en minibikes en su nativa Alemania a la edad de 7 años y, apenas un año más tarde, ya se proclamó subcampeón junior en la competición nacional. Casi una década después, Muller disputó su primera carrera en la categoría junior de 125 cc, en la Copa ADAC. En 1998 ganó esa competición al imponerse en cinco de las siete carreras. La siguiente temporada consiguió la segunda plaza en el campeonato alemán, que ganó un año más tarde. A su éxito en el nacional, sumó una 10ª y una 7ª posición en el Campeonato Europeo y participó como wild card en el Gran Premio de Alemania. En 2001, Muller disputó toda la temporada del Campeonato del Mundo de 125 cc y se clasificó cuatro veces entre los 15 primeros.