第１７戦マレーシアＧＰのフリー走行２は２８日、セパン・インターナショナル・サーキットで行われ、総合１８位のジャック・ミラーが最高峰クラスで初めてトップタイムをマーク。２０１６年王者のマルク・マルケスが第１１戦チェコＧＰ以来、今季４度目の初日総合１番手に進出した。
気温３０度、路面温度３３度のウェットからドライにトラックコンディションが変化した中、フリー走行１で１６番手のミラーは、３度のコースインで１０ラップを周回すると、最終ラップに２分０８秒８７２の１番時計を刻めば、フリー走行１で１３番手のカル・クラッチローは、２度のコースインで８ラップを周回して、０.３９９秒差の２番手。
フリー走行１で６番手のエクトル・バルベラは、０.５４２秒差の３番手。フリー走行１で１４番手のブラッドリー・スミス、フリー走行１で２１番手のロリス・バス、フリー走行１で３番手のスコット・レディング、フリー走行１で１５番手のアンドレア・ドビツィオーソ、フリー走行１で１０番手のステファン・ブラドル、フリー走行１で１９番手のティト・ラバット、フリー走行１で２０番手の青山博一がトップ１０入り。
フリー走行１で５番手のバレンティーノ・ロッシは、４.５４４秒差の１３番手。フリー走行１で１０番手のホルヘ・ロレンソは１６番手、フリー走行１で２番手のマーベリック・ビニャーレスは１７番手。
フリー走行１で今季３度目の１番手発進を決めたマルケスは、体調不良により、走行をキャンセル。フリー走行１で４番手のアンドレア・イアンノーネは、トラックコンディションの回復を待ったが、走行を見送った。
リザルト（www.motogp.com/ja/Results+Statistics/）
@marcmarquez93 won't take part in today #MalaysianGP FP2 due to a gastroenteritis that is actually being treated by the medical centre
— Repsol Honda Team (@HRC_MotoGP) 28 de octubre de 2016