第１７戦マレーシアＧＰの公式予選は２９日、セパン・インターナショナル・サーキットで行われ、ポイントリーダーのヨハン・ザルコが今季１９度目のトップタイムをマーク。今季６度目、中量級で１４度目、キャリア通算１８度目のポールポジションを奪取した。
気温２６度、路面温度２７度のウェットコンディションの中、フリー走行総合５番手のザルコは、２分１８秒６２１の１番時計を刻めば、フリー走行総合２番手のフランコ・モルビデッリは、２.１２４秒差の２番手に入り、今季３度目の１列目に進出。
フリー走行総合４番手のアクセル・ポンスは、最後のタイムアタックでスリックタイヤに履き替え、２.７６２秒差の３番手。キャリア２度目の１列目を獲得すれば、フリー走行総合３番手のジョナス・フォルガー、フリー走行総合６番手のトーマス・ルティ、フリー走行総合２０番手のロレンソォ・バルダッサーリ、フリー走行総合１６番手のチャビエル・シメオン、フリー走行総合１１番手のマティア・パシーニ、フリー走行総合１８番手のレミー・ガードナー、フリー走行総合１７番手のシモーネ・コルシがトップ１０入り。
フリー走行総合１３番手のサム・ロースは１３番手。今季２度目のフリー走行総合１番手に進出した中上貴晶は、５.３１４秒差の２０番手。フリー走行総合７番手のアレックス・マルケスは２１番手。フリー走行総合１５番手のアレックス・リンスは２３番手だった。
リザルト（www.motogp.com/ja/Results+Statistics/）
Think @FrankyMorbido12 (2nd) is just as amazed as the rest of us with that pole lap #MalaysianGP https://t.co/AF3aWVYg98
— MotoGP™ (@MotoGP) 29 de octubre de 2016