最終戦バレンシアＧＰのフリー走行３は１２日、リカルド・トルモ・サーキットで行われ、総合２２位のフアンフラン・グエバラが週末２度目、今季２度目のトップタイムをマーク。総合２位のエネア・バスティアニーニが初日のラップタイムで、第９戦ドイツＧＰ以来、今季２度目のフリー走行総合１番手に進出した。
気温１３度、路面温度１３度のドライコンディションの中、初日総合２番手のグエバラは、４度のコースインで１６ラップを周回すると、１分４０秒台を５回、１分３９秒台を２回記録。１分３９秒８２４の１番時計を刻み、初日のラップタイムでフリー走行総合２番手。
初日総合２３番手のアロン・カネトは、３度のコースインで１８ラップを周回すると、１分４０秒台を４回、１分３９秒台を１回記録して、０.０３４秒差の２番手に浮上。初日総合４番手のブラッド・ビンダーは、２度のコースインで２０ラップを周回すると、１分４０秒台を５回、１分３９秒台を３回記録して、０.０８５秒差の３番手。
初日総合７番手のファビオ・クアルタラロは、０.１０４秒差の４番手。初日総合１１番手のニッコロ・アントネッリ、初日総合３番手のジョアン・ミル、初日総合９番手のヤコブ・コーンフィール、初日総合８番手のホルヘ・マルティン、初日総合１３番手のフランセスコ・バグナイア、初日総合１８番手のボ・ベンスナイダーがトップ１０入り。
今季５度目の初日総合１番手に進出したエネア・バスティアニーニは、０.４６１秒差の１６番手だったが、１番手だったフリー走行２のラップタイムでフリー走行総合１番手。
初日総合１６番手の鈴木竜生は、０.８８５秒差の２８番手、フリー走行総合１９番手。初日総合２５番手の尾野弘樹は、０.７２７秒差の２４番手、フリー走行総合２７番手だった。
リザルト（www.motogp.com/ja/Results+Statistics/）
???? @Jorge_Navarro9 has another unpleasant start to the day, down in the gravel at turn 12. #RiderOK #ValenciaGP https://t.co/OsXh2VDiCF
— MotoGP™ (@MotoGP) 12 de noviembre de 2016