Yonny Hernández fait ses débuts en motocross à l'âge de quinze ans et brille très rapidement au niveau national. Après s’être essayé au supermotard, il rejoint le CEV en 2009 pour y courir dans la catégorie Supersport, et devient un an plus tard le premier Colombien engagé en Championnat du Monde Moto2™. Classé à deux reprises au sein du Top 10, il prolonge une seconde saison chez Blusens-STX, puis signe chez Avintia Racing pour la campagne 2012 du MotoGP™. Sur sa CRT, le Sud-Américain réalise quelques belles courses, mais décide de partir chez Paul Bird Motorsport où il évoluera sur une ART jusqu’au GP d’Aragón 2013. L’opportunité se présente alors à lui de remplacer Ben Spies chez Ignite Pramac Racing. Pour ses débuts sur prototype, ce dernier manque de justesse la Q2 et termine onzième de l’épreuve. Il officiera finalement pour ce même team les deux années suivantes, avant de migrer sur une GP14.2 d’Aspar. Yonny Hernández connaîtra toutefois des résultats assez mitigés, avec notamment six abandons au compteur. En 2017, il retourne donc en Moto2™ en tant que pilote AGR. Mais l’aventure s’y achève prématurément. Le team Pedercini lui propose ensuite un guidon en WorldSBK, où il se montrera relativement discret. En 2019, il goûtera tout compte fait à l’EWC avec l’équipe Honda Endurance Racing. Ensemble, ils finiront sixième. Place désormais à un nouveau chapitre : celui du MotoE™, qu’il affrontera chez OCTO Pramac MotoE.