Der aus Kolumbien stammende Yonny Hernandez begann erst im Alter von 15 Jahren mit MotoCross, war aber sofort erfolgreich und gewann alle Rennen der nationalen 85ccm-Serie und damit den Titel im Jahr 2003. Dieses Kunststück wiederholte Hernandez 2005. 2008 fuhr der Kolumbianer in der Spanischen Supermoto-Serie, debütierte auf Asphalt und gewann gleich sein erstes Rennen. In der Spanischen CEC Buckler Supersport-Meisterschaft holte er 2009 den vierten Gesamtrang, 2010 stieg er in die Moto2™-WM auf. Hernandez fuhr mehrfach in die Punkte und holte zwei Top Ten-Platzierungen. Außerdem wurde er der erste Kolumbianer überhaupt, der an der Motorrad-Weltmeisterschaft teilnahm. 2011 blieb er für eine zweite Saison in der Moto2™ und fuhr für das Blusens-STX-Team, anschließend unterschrieb er bei Avintia Racing, um 2012 in der MotoGP™ in einem CRT-Team aufzulaufen. Trotz guter Leistungen trennten sich die Wege. Ab Aragón ersetzte Hernandez im Ignite Pramac Racing Team den verletzten Ben Spies. Im MotorLand verpasste er nur knapp den Einzug in den Shootout der zweiten Qualifikation, im Rennen holte er dann einen starken zwölften Platz. 2014 blieb er bei Pramac Teamkollege von Andrea Iannone, auch 2015 ffuhr er für die italienische Mannschaft, wo er mit Danilo Petrucci einen neuen Teamkollegen bekam. 56 Punkte und Platz 14 der Gesamtwertung war nicht ganz das, was sich der Kolumbianer erhofft hatte. Ein achter Platz beim Frankreich GP war sein bestes Ergebnis, gleichzeitig verbuchte Hernandez 2015 auch vier Nullrunden. Für 2016 übernahm er den Platz von Nicky Hayden im Aspar Team, wo er auf eine Honda wechselte. 2017 kehrte er als AGR-Fahrer in die Moto2 ™ zurück. Aber das Abenteuer endete vorzeitig. Das Pedercini-Team bot ihm schließlich einen Platz in ihrem WorldSBK-Team an, bei dem er recht unscheinbar blieb. 2019 bekam er mit dem Honda Endurance Racing Team einen Vorgeschmack auf den EWC, wo sie einen guten sechsten Platz erreichten. Jetzt ist es Zeit für ein neues Kapitel: MotoE™, wo er mit OCTO Pramac MotoE antreten wird.