Florian Alt ha corso la sua prima gara nel 2002 su un 50cc KTM, prima di passare per l'ADAC Mini Bike Cup, e quindi arrivare al Campionato tedesco IDM 125cc nel 2009. L'anno successivo entra anche nella Red Bull MotoGP Rookies Cup dove si piazza 11°. Nel 2011 migliora le sue performance, chiudendo sesto nella Rookies Cup e ottavo nell'IDM. Il 2012 è il suo anno, divenendo campione IDM e campione Rookies, che gli consentono l'anno successivo di fare il salto nel Campionato del Mondo Moto3™ con la nuova formazione Kiefer Racing. A causa della sua statura, nono riesci ad andare a punti nelle 12 gare disputate e nel 2014 passa così in Moto2 nel FIM CEV Repsol, finendo secondo assoluto in classifica. Nel 2015 gli si presenta rappresenta l'occasione di tornare nel Campionato del Mondo Moto2™ con il Octo IodaRacing Team.