Santiago Hernández se inició a los nueve años en motocross sobre una 65cc, si bien después de un accidente a los 12 años -donde sufrió múltiples fracturas- decidió retirarse temporalmente. A los catorce años regresa al motocross en la categoría 125cc para coronarse como subcampeón nacional de Colombia.

A los 16 prueba con el Supermotard para coronarse igualmente subcampeón. Su paso a la velocidad fue cosa del destino, ya que después de probar una Yamaha R6 en el Autódromo de Tocancipá, se trasladó a España donde participó en Supermotard y se alistó en las filas del Team Laglisse, para correr junto a su hermano Yonny en la categoría de Supersport en 2009.

Santiago corrió dos temporadas del CEV Buckler, la primera en Supersport y la segunda en Moto2, puntuando en 4 de las siete carreras disputadas. Este año acompaña al tailandés Wilairot en el equipo SAG.