Sebastián Porto empezó compitiendo en minimotos a los 10 años y tras ganar una prueba en 50cc. logró los títulos nacionales de 100 y 250cc.Disputó el Gran Premio de su país como wild card en los 125cc. antes de buscar fortuna en Europa en 1995. Su ambición dió frutos rápidamente y un año después se proclamó Campeón de Europa de los 250cc. y fue escogido por Aprilia para disputar el Mundial. Tres temporadas después pasó a las filas de Yamaha y finalizó noveno en las temporadas 1999 y 2000. Tras un 2001 decepcionante en el que se clasificó decimosexto, en 2002 Porto comenzó a alcanzar sus propósitos logrando una 5ª posición en la clasificación del Mundial tras 5 podios y su primera victoria en un Gran Premio, en Brasil. Su progresión se vio interrumpida en 2003, cuando pasó a competir sobre una Honda. No subió al podio en 16 carreras y tuvo que conformarse con una 8ª posición final. En 2004 pilotando una Aprilia oficial, recuperó la forma y logró el subampeonato por detrás de Pedrosa. En 2005 siguió en la estructura del Team Aspar, de nuevo con una Aprilia oficial, con la que se situó en la sexta plaza final. Este año forma equipo con Shuhei Aoyama en el seno de la escudería Repsol Honda.