Sacré Champion du Japon en 250 en 1998, Shinya Nakano a abandonné ses études d'ingénieur pour se consacrer à sa carrière de pilote professionnel aux côtés d'Olivier Jacque, chez Tech3. Il remporta son premier Grand Prix, à Motegi et décrocha quatre autres podiums avant la fin de la saison.

En 2000, il lutta contre son propre équipier, Olivier Jacque, dans la course au titre, et ce jusqu'aux derniers mètres de la dernière course de la saison. Finalement, il s'inclina face au français. En 2001, même si Tech3 débutait en 500, il n'a pas déçu : le japonais s'est souvent porté aux avant-postes.

Il a fini dans le top 5 à sept reprises, décroché un podium, et s'est élancé neuf fois de la première ligne. En 2002, comme la plupart des pilotes 2-temps, il a souffert de la comparaison avec les pilotes disposant des nouveaux prototypes MotoGP. La saison suivante, avec le team Yamaha d'Antin, fut tout aussi décevante.

En 2004, il a donné une nouvelle orientation à sa carrière en rejoignant la jeune mais ambitieuse équipe Kawasaki, à laquelle il parvint un offrir un premier podium au Motegi. Cette année, il devra confirmer les progrès de la marque d'Akashi.