Tras ganar el Campeonato Japonés de 250cc en 1998, Shinya Nakano dejó sus estudios de ingeniería en Tokio para acompañar a Olivier Jacque en el equipo Tech 3 de 250cc, y los éxitos le llegaron rápidamente. Ganó su primer GP en Motegi en 1999 y logró otros cuatro podios en la misma temporada.

En 2000 tuvo una temporada increíble junto a Jacque, terminando segundo por detrás de su compañero de equipo después de una trepidante carrera hasta la mismísima línea de meta en Australia. En la siguiente temporada su equipo dio el salto a los 500cc. y Nakano terminó en 7 ocasiones entre los 5 primeros, logró un podio y 9 salidas desde la primera línea de parrilla.

En 2002 intentó hacerse notar con una moto de cuatro tiempos, y tampoco pudo brillar pilotando la Yamaha de D´Antín en 2003. Shinya entró en el equipo Kawasaki en 2004 y a lo largo de tres temporadas asumió el liderazgo de la evolución y progresión de las máquinas verdes. Finalizó el Campeonato de 2004 en la décima posición, resultado que repitió la siguiente temporada.

Tras concluir el curso 2006 en decimocuarta posición y con un segundo puesto en Assen como mejor resultado, el piloto japones inició un nuevo ciclo de la mano del equipo Konica Minolta Honda, sustituyendo a Makoto Tamada. Con su equipo y su conjunto técnico, sin duda aspiraba a mejores resultados en su campaña con el Konica Minolta Honda pero tuvo que conformarse con la 17ª plaza final en una temporada en la que permaneció alejado de las plazas de podio.

Tras este complicado debut con la RC212V en 2008 el piloto nipón comparte box con uno de los debutantes de MotoGP, Alex de Angelis, en el equipo satélite de Honda que dirige Fausto Gresini.