Lahir di Roma dan sekarang tinggal di Tavullia, Franco Morbidelli meraih gelar Superstock 600 pada 2013, seiring dengan debutnya di Misano dalam Kejuaraan Dunia Moto2™ sebagai wildcard di Misano, Motegi dan Valencia. Ia kemudian tanda tangan kontrak dengan Italtrans Racing Team untuk balapan semusim penuh pada 2014. Setahun berikutnya, Morbidelli masih bertahan dengan tim yang sama. Sayangnya, cedera patah kaki saat latihan motocross membuatnya absen beberapa balapan. Kendati dapat lanjutkan kejuaraan, kondisi fisiknya jauh dari fit sepenuhnya.
Musim 2016, Morbidelli pindah ke Estrella Galicia 0,0 Marc VDS dan performanya begitu impresif. Sejumlah raihan podium yang dicapainya membawa sang pembalap duduki peringkat ketiga klasemen akhir. Berkat hasil apik itu lah, tim memperpanjang kontraknya. Keputusan tepat. ‘Franky’ cetak kemenangan hat-trick pada awal 2017. Ia kemudian melanjutkannya dengan memimpin klasemen sepanjang musim, yang akhirnya ditutup gelar Juara Dunia Moto2™ di Malaysia. Dari ajang Superstock 600 ke Kejuaraan Dunia Grand Prix dalam waktu empat tahun saja.
Ia naik ke kelas premier bersama EG 0,0 Marc VDS pada 2018 dan dinobatkan Rookie of the Year. Musim 2019, Morbidelli bergabung dengan Petronas Yamaha SRT, meraih tujuh kali finis enam besar yang solid. Franky mengklaim kemenangan perdana di Misano 2020, dilanjutkan dua kemenangan lagi di GP Teruel dan Valencia, serta finis ketiga di Portugal. Prestasi ini membawanya duduki peringkat kedua secara keseluruhan. Berkat penampilan bagusnya itu, Morbidelli menjadi salah satu pesaing utama perebutan gelar pada 2021, tetapi cedera lutut menghambat musimnya. Kembali beraksi di Misano, Morbidelli berpasangan dengan Fabio Quartararo di Monster Energy Yamaha MotoGP™ setelah dipromosikan dari Petronas Yamaha SRT.
Franky kemudian menandatangani kesepakatan untuk tetap menjadi pembalap pabrikan Yamaha setidaknya hingga akhir 2023. Tetapi setelah kesulitan lebih lanjut, Morbidelli dan Yamaha berpisah pada akhir musim. Prima Pramac Racing menjadi rumah barunya pada 2024. Sayangnya, cedera pada pramusim menghambat Morbidelli untuk bersaing, meski ia kemudian menemukan ritme saat memasuki paruh kedua musim. Mencetak finis terbaik P4 di GP Indonesia, Morbidelli menempati peringkat kesembilan secara keseluruhan. Pada 2025, Morbidelli pindah ke Pertamina Enduro VR46 Racing Team. Awal musim berjalan gemilang. Ia mengemas podium di GP Argentina dan GP Qatar. Franky menutup Kejuaraan dengan menduduki peringkat ketujuh klasemen akhir, serta cedera tangan setelah kecelakaan di grid start GP Valencia. Untuk musim 2026, Morbidelli tetap bersama Pertamina Enduro VR46 Racing Team.