Fermin Aldeguer mengenal roda dua ketika ia baru berusia 2 tahun, dengan bantuan miniatur sepeda motor yang diberi nama 'la Bicha'. Pada usia 6 tahun, ia mulai berkompetisi. Dan pada usia 9 tahun, Aldeguer berhasil raih gelar pertamanya di Levante MiniGP 110 Cup, sekaligus mengawali kariernya di Cuna de Campeones. Dua tahun kemudian, ia menjadi Juara Levante dan Murcia Regional Cup dalam kategori MiniGP 140 serta MaxiGP 220 XL. Musim 2017, Aldeguer menaklukkan Pre-Moto4 Cuna de Campeones, serta Levante dan Murcia Regional Cup untuk Pre-Moto4, yang membuatnya lolos ke European Talent Cup 2018. Dalam tahun debutnya, ia meraih dua podium dan tempati peringkat ke-10 klasemen akhir. Aldeguer kemudian lakukan peningkatan pada musim keduanya. Sang pembalap naik podium sebanyak tiga kali, serta menghuni peringkat ketiga secara keseluruhan. Berbekal prestasi bagus ini, ia melangkahkan kaki ke FIM CEV Moto3™ Junior World Championship. Namun, serangkaian keadaan menghalanginya untuk berpartisipasi dalam ajang tersebut. Aldeguer pun terpaksa mencari alternatif dan menemukan Yamaha untuk dikendarai di FIM CEV Stock600 European Championship. Penampilannya membuat semua orang terpesona, saat ia cetak enam kemenangan beruntun. Pembalap asal Murcia itu juga berhasil sabet titel pada musim pertamanya. Gelar ini memberinya kursi balap di FIM Enel MotoE™ World Cup 2021 bersama Openbank Aspar Team, dan berduet dengan Maria Herrera.
Performanya yang mengesankan lalu memberinya peluang di FIM Moto2™ European Championship bersama dengan MB Conveyors Speed Up. Pencapaian penting finis P7 di Aragon menunjukkan potensinya, dan ia mendapatkan kursi penuh waktu bersama tim untuk 2022. Aldeguer terus menunjukkan bakatnya, dengan P4 di Australia dan Valencia sebagai hasil terbaiknya tahun itu. Dalam usia yang masih sangat muda, yakni belum genap 18 tahun, pembalap muda Spanyol ini tampaknya memiliki masa depan cerah di depannya. Pada 2023, pembalap Spanyol ini mencapai tonggak sejarah nyata dalam kariernya. Setelah awal musim yang lamban, ia meraih kemenangan di Silverstone sebelum membukukan akhir musim yang menakjubkan. Menyusul keberhasilan podium di Mandalika dan Phillip Island, pembalap bernomor #54 itu memenangi empat Grand Prix terakhir secara beruntun, dan naik ke peringkat ketiga klasemen akhir Kejuaraan Dunia. Pembalap asal Murcia ini dianggap sebagai salah satu penantang gelar juara pada 2024, tetapi sejumlah kesalahan memupus peluangnya. Mungkin berada di bawah tekanan dengan kepindahan resminya ke Ducati di MotoGP™ 2025, bahkan sebelum dimulainya musim, Aldeguer mengemas peringkat kelima klasemen akhir berkat tiga kemenangan atas namanya. Ia akan membela Gresini Racing MotoGP™ tahun depan dalam debutnya di kelas utama.