Fermín Aldeguer se inició en el mundo de las motos con tan solo dos años de la mano de una minimoto a la que llamaba 'la Bicha'. A los 6 años empezó en el mundo de la competición y a los 9 logró conquistar su primer título en la Copa Levante MiniGP 110, a la vez que empezó su andadura en la Cuna de Campeones. Dos años después fue campeón de la Copa Levante y Regional Murciano tanto en MiniGP 140 como en MaxiGP 220 XL. En 2017 conquistó la Cuna de Campeones PreMoto4 y la Copa Levante y Regional Murciano de PreMoto4, lo que le valió el salto a la European Talent Cup. En su primera campaña allí logró 2 podios y acabó 10º en la general. Algo que mejoró notablemente en su segundo curso al conseguir 3 podios más y acabar 3º a dos puntos del subcampeón. Su paso natural, tras su breve pero exitosa carrera, era dar el paso a Moto3™ dentro del FIM CEV Repsol, pero una serie de circunstancias lo impidieron. El murciano se vio obligado a buscar nuevas alternativas y encontró una Yamaha para disputar el Europeo de Moto2™ dentro de la subcategoría Superstock 600. Su rendimiento dejó boquiabierto a todo el mundo, pues venció las 6 primeras carreras y conquistó el título en su primera temporada en la categoría. Un título que le valió para hacerse con una Energica Ego Corsa con la que disputó la Copa del Mundo FIM Enel MotoE™ 2021 en las filas del Openbank Aspar Team junto a María Herrera. Un año decisivo para el español, que gracias a una serie de actuaciones impresionantes, consiguió una oportunidad para pilotar en Moto2™ de la mano del MB Conveyors Speed Up durante la temporada 2021.
Un destacado séptimo puesto en Aragón dejaría ver su gran potencial, y se ganaría un asiento a tiempo completo con el equipo para 2022, donde seguiría mostrando su gran talento con una cuarta plaza en Australia y Valencia, así como dos 'poles' en Argentina y Phillip Island. Junto al Speed Up Racing, y tras un discreto comienzo en 2023, Aldeguer triunfaría en Silverstone antes de firmar un final de temporada sensacional. Tras subir al podio en Mandalika y Phillip Island, el '54' ganaría los cuatro últimos Grandes Premios del año y escalaría hasta la tercera posición del Campeonato del Mundo. Con su futuro asegurado en MotoGP™ con Ducati desde inicios de la temporada, el piloto murciano sería uno de los aspirantes al título en 2024, pero una serie de errores le dejarían fuera de la ecuación. El español finalmente terminaría quinto en la general con tres victorias en su haber. Defenderá los colores de Gresini Racing MotoGP™ en 2025 en su debut en la élite del motociclismo.