A nove anni vince la Copa Levante MiniGP 110. Inizia la sua carriera nella Cuna de Campeones e due anni dopo è campione della Copa Levante e del Regional Murciano sia nella MiniGP 140 che nella MaxiGP 220 XL. Nel 2017 vince la Cuna de Campeones PreMoto4, la Copa Levante e Regional Murciano PreMoto4, ottenendo un posto nella European Talent Cup per due stagioni. Una serie di circostanze lo allontanano dal debutto nella Moto3™ del FIM CEV Repsol, ma trova posto nel Campionato Europeo Moto2™, nella Superstock 600 dove vince il titolo alla sua prima stagione. Ottiene così una Energica Ego Corsa con la quale disputa la Coppa del Mondo FIM Enel MotoE™ nel 2021 col Team Openbank Aspar. Grazie a una serie di prestazioni impressionanti, viene chiamato in Moto2™ dal team MB Conveyors Speed Up e, sempre nel 2021, finisce settimo ad Aragon.
Viene poi confermato per il 2022, quando finisce per due volte ai piedi del podio nella classe intermedia, in Australia e a Valencia, e ottiene due pole position. Giovanissimo, visto che compirà 18 anni in aprile, lo spagnolo sembra avere un futuro radioso davanti a sé. Dopo un discreto avvio di 2023, Aldeguer trionfa a Silverstone e poi firma un finale di stagione sensazionale. Sale sul podio a Mandalika e a Phillip Island, poi vince gli ultimi quattro Gran Premi, terminando la stagione al terzo posto. Nel 2024 è uno dei grandi candidati per il titolo ma commette degli errori pesanti, portando a casa tre vittorie e il quinto posto in classifica. Nel 2025 il debutto con Ducati in MotoGP™ grazie alla chiamata del team Gresini Racing MotoGP™.