En paralelo a la creciente popularidad del MotoGP en la República Checa, Jakub Smrz está haciéndose un nombre como estrella de las dos ruedas. Campeón nacional de 125 cc en tres ocasiones y subcampéon del Campeonato Europeo en 1999, Smrz fue nombrado Mejor Representante del deporte checo un año más tarde, tras clasificarse en 11ª posición en Brno, como wild card, en su segunda aparición en un Gran Premio. Disputó su primera temporada completa en 2001, uno de los años en el que la categoría de 125 estuvo más reñida, y consiguió desempeñar un papel destacado: Se clasificó entre los diez primeros en cinco ocasiones, incluyendo una 5ª plaza en el GP de Holanda. Su debut en la categoría de cuarto de litro con Honda no fue muy satisfactorio ya que solamente obtuvo un punto en el GP de Brasil. En 2003 el joven checo reapareció con Honda y completó esa temporada en el puesto 24. Un año más tarde prosiguió su proceso de aprendizaje bajo las órdenes del equipo que dirige Arie Molenaar, con el que repitió en 2005. Ambas temporadas las concluyó en la 20ª plaza. El año pasado pilotó una Aprilia del equipo Cardion AB Motoracing. En una temporada carente de buenos resultados, completó su mejor actuación en Turquía, donde fue 7º, y concluyó el Campeonato en la 12ª posición final.