Mario Aji wurde von seinem Vater in den Motocross-Sport eingeführt und begann im Alter von zehn Jahren mit dem Rennsport. 2018 nahm der Indonesier am Idemitsu Asia Talent Cup teil, den er mit vier Podiumsplätzen und einem Sieg als Fünfter beendete, sowie an der Asia Road Race Championship in der 250er-Klasse, wo er Sechster wurde. In den nächsten drei Saisons kombinierte er den Red Bull MotoGP™ Rookies Cup mit dem FIM CEV Repsol in der Moto3™. In diesen jeweiligen Meisterschaften war er durchweg unter den Top 15 zu finden. Im Jahr 2022 ging er für das Honda Team Asia in der Leichtgewichtsklasse der Weltmeisterschaft an den Start. Den Höhepunkt seiner Rookie-Saison erlebte er bei seinem Heim-Grand-Prix in Indonesien, als er aus der ersten Startreihe losfahren durfte. In seinem Debütjahr schaffte er es zweimal, in die Punkteränge zu fahren, woraufhin das Team Vertrauen zeigte und ihn für 2023 erneut unter Vertrag nahm, bevor der Indonesier für 2024 in die Moto2™ aufsteigt. Aji verbrachte das Jahr damit, sich an die Mittelklasse anzupassen, und beendete das Jahr mit dem besten Ergebnis auf Platz 15, wobei er in der gesamten Saison vier Punkte erzielte. 2025 blieb Aji beim IDEMITSU Honda Team Asia und erlebte nach einer Schulterverletzung beim GP von Spanien eine schwierige Saison. Er kehrte beim 15. Rennen wieder ins Geschehen zurück, bestritt die verbleibenden Rennen und beendete die Saison mit einem 9. Platz mit dem Rennen auf dem COTA als bestem Ergebnis. Auch 2026 bleibt Aji beim IDEMITSU Honda Team Asia und startet in seine dritte Saison in der Moto2-Klasse.