Nacido en EE.UU. y de padres británicos, John Hopkins se inició desde temprana edad en la competición, ganando innumerables carreras de minimotos y pruebas locales en California. Con 15 años logró el título en la Aprilia Cup Challenge de 1999 y esa misma temporada ganó la Copa Suzuki GSXR600 y quedó segundo en la GSXR750. También sumó victorias en la carrera de campeones de Daytona y se adjudicó victorias en carreras de Supersport y Superbike.

En el 2000 se adjudicó el Campeonato AMA de Supersport en 750cc y una temporada después se convirtió en el Campeón de la Fórmula Extreme antes de dar el salto en 2002 al equipo Red Bull Yamaha para disputar el Campeonato del Mundo de MotoGP. En 2003 pilotó por primera vez la Suzuki GSV-R de cuatro tiempos, pero se vio lastrado por la lenta progresión de la moto. Los resultados tampoco le acompañaron en las siguientes campañas. Obtuvo la 14ª plaza final en 2005, con un 5º puesto en Japón como mejor resultado. La campaña 2006 evidenció su progresión con la Suzuki: Obtuvo su primera pole en MotoGP, en Assen, y se clasificó en la 10ª plaza del Campeonato. Su asociación con el fabricante japonés concluyó al finalizar la temporada 2007, que supuso su consagración en la categoría reina tras sumar sus primeros podios, liderar una carrera por primera vez y concluir en el cuarto puesto de la clasificación general.

En 2008 abrió una nueva etapa en su trayectoria deportiva al hacerse cargo de una de las Ninja ZX- RR800 de la escudería Kawasaki Racing. Sus expectativas se vieron truncadas a causa de la grave lesión sufrida en la pretemporada. Hopkins necesitó varios meses para recuperarse completamente y ese revés acabaría condicionando su trayectoria en una temporada que terminó en la decimosexta posición. Kawasaki ha redoblado sus esfuerzos para proporcionarle una máquina competitiva en 2009, una temporada en la que forma equipo con Marco Melandri.